No final do Período Edo, um demónio conhecido por Rei Impuro chacinou milhares de pessoas.
Após derrotarem o demónio, os Cavaleiros da Verdadeira Cruz guardaram o seu olho esquerdo em segredo nos territórios da Academia – mas agora alguém o roubou!
Ao saber que o ladrão fizera uma criança refém, Rin e Yukio correm em seu auxílio.
A investigação e consequente perseguição levam Rin e os seus amigos até Quioto, onde se embrenham ainda mais numa trama sinistra.
Será que o facto de os seus amigos saberem agora que Rin é filho de Satã vai criar uma cisão no grupo?