Depois de enfrentar os demónios do passado de Shura, tanto ela como Rin e Yukio regressam à Academia da Verdadeira Cruz.
Enquanto Yukio recupera dos seus ferimentos, Rin e os outros voltam às suas rotinas. Mas os sarilhos avolumam-se à medida que os illuminati avançam nos seus planos. Relâmpago lança uma investigação dos illuminati, com o objetivo de chegar ao fundo das coisas. Arrastando Suguro consigo, dirige-se aos arquivos de acesso restrito da Academia da Verdadeira Cruz, à procura de pistas que o ajudem a resolver o mistérios em torno dos acontecimentos da “noite azul”. De regresso ao campus, um antigo adversário faz um retorno inesperado…