Na última fase do exame de seleção para a Força de Defesa, o honju que se pensava ter sido exterminado é ressuscitado por um misterioso Kaiju humanoide, e ataca Kikoru Shinomiya e os restantes candidatos. 

Para ajudar Kikoru, que se encontra numa situação desesperada, Kafka Hibino transforma-se em Kaiju e desafia o honju! 

Qual será a identidade do Kaiju humanoide? E qual é o seu objetivo?