Após a derrota do rei impuro, os escudeiros regressaram às suas vidas rotineiras na Academia da Verdadeira Cruz – mas a rotina não vai durar muito! Praticamente do outro lado do mundo, um estranho encontro no deserto pressagia todos os eventos malignos ainda por vir.
Enquanto os escudeiros enfrentam os sete mistérios da Academia da Verdadeira Cruz, Yukio reflete sobre a sua verdadeira natureza e faz um mortífero voto de silêncio. De volta a Tóquio, os estudantes da Academia preparam-se para um festival da escola, mas nos bastidores cresce um conflito entre os Cavaleiros da Verdadeira Cruz e os Illuminati.
À medida que o Festival da Academia da Verdadeira Cruz atinge o seu auge, a trama adensa-se. Enquanto Izumo confronta Nemu Takara, Rin e os outros escudeiros apressam-se a procurá-la.
Os escudeiros ficam a saber da trágica história da mãe de Izumo, Tamamo, quando o louco professor Gedoin ao serviço dos illuminati a foi recrutar para as suas experiências dementes. Agora foi a vez da própria Izumo ser capturada, e será a próxima na lista das cobaias do professor.
Emboscados pelo professor Gedoin na sua prisão infernal sob a Cidade de Sonho Inari, os escudeiros têm de lutar pela sua sobrevivência e para salvar Izumo. Mais do que nunca, cada um deles terá de acreditar na sua própria força, bem como na dos parceiros. Porém, Izumo está determinada a enfrentar sozinha o seu destino, e a salvar a sua irmã, mesmo que isso signifique a autodestruição!
A missão contra o sonho diabólico do professor Gedoin para criar a cidade de Sonho Inari constitui apenas o assalto inicial de um conflito crescente entre os cavaleiros da Verdadeira Cruz e os Illuminati. Enquanto ambas as fações se reorganizam e traçam planos para o futuro, os escudeiros tentam assimilar o que se passou.
De regresso à Academia da Verdadeira Cruz, Rin e dos seus amigos escudeiros ficam com a impressão que algo se está a preparar quando da chegada de um inesperado, e pouco convencional, novo instrutor! Enquanto isso, Yukio tem dificuldade em compreender o estranho fogo que paira nos seus olhos, um fogo que tem ocultado de toda a gente. Conseguirá ele confrontar as chamas do seu interior, ou irão estas consumi-lo?
Shura Kirigakure é a amiga e mentora em que Rin e Yukio sempre confiaram, mas o seu passado é um mistério. Quando Shura desaparece subitamente, Mefisto envia Yukio e Rin ao norte, frio e invernoso, para a procurar. A viagem proporciona aos dois irmãos uma oportunidade para conversar sobre os acontecimentos recentes e tentar resolver a relação entre eles. Nos campos gelados, Shura chega ao seu destino e encontra uma entidade que lhe lança uma antiga maldição…
