Há 140 anos, em Quioto, surgiu um guerreiro que, ceifando adversários com a sua lâmina sanguinária, passou a ser chamado Battousai, ou assassino.
A sua espada ajudou a pôr fim aos turbulentos anos conhecidos como o Bakumatsu e abriu caminho à força para um período de maior progresso, a era Meiji.
Quando o próprio chefe da Unidade de Espadachins da Polícia vem pedir favores, a situação deve ser mesmo difícil.
O hitokiri Udo Jin-e – um assassino de chapéu negro, com olhar enlouquecido, que tanto mata os seus alvos como espectadores inocentes – está a liquidar uma a uma as pessoas que constam de uma lista de antigos patriotas da organização Ishin Shishi (favorável à restauração do imperador), entrincheirados em posições de poder dentro do governo Meiji.
«Teia de aranha»… é como o ópio vulgar, mas produzido com metade do custo e o dobro do lucro!
Para os habitantes de Aizu, Takani Megumi era uma das filhas de uma famosa família de médicos, na qual todos – incluindo mulheres e as crianças – estudavam medicina.
Mas para Takeda Kanryu, o ganancioso industrial, a jovem Takani é a galinha dos ovos de ouro: a única pessoa que conhece a fórmula da «teia de aranha»!
Shinomori Aoshi foi, em tempos, o líder da guarda de elite do Castelo de Edo, o Oniwabanshû.
Mas, com a luta a acabar e o xogunato deposto, o brilhante Aoshi e os seus quatro mais leais onmitsu, ou espiões, encontram-se sem casa e sem propósito. Quando lutar é a sua vida, a lealdade a esses ideais perdidos (e ao homem que os simbolizava) pode ser a última coisa que resta.
Isurugi Raijuta, um verdadeiro espadachim da velha guarda, solicita a ajuda de Kenshin para reformar as escolas de esgrima, ou kenjutsu dojo, no Japão.
Mas, os planos de Raijuta para eliminar as escolas que considere inadequadas e criar uma escola unificada a nível nacional, vão contra os príncipios mais profundos de Kenshin.
Está a chegar ao fim a luta de Kenshin com Raijuta para decidir o destino dos espadachins da Era Meiji, mas, torna-se claro que nada impedirá Raijuta de garantir a liderança do estilo Shinko.
Um plano que não olha a meios, para derrubar o governo atual, põe em causa alianças antigas quando os amigos de Sano não conseguem decidir se ele está com eles, ou não passa de um obstáculo…
Saitō Hajime, um antigo membro da Shinsengumi, visita o dojo Katsushin, disfarçado de vendedor de ervas medicinais. Sanosuke percebe rapidamente que se trata de um impostor, mas é atacado antes de conseguir reagir e é deixado inconsciente.
Mais tarde Kenshin sai para confrontar Saitō mas é interrompido pela chegada de outro personagem sombrio…
Kenshin parte para Quioto onde encontra um cenário de caos e sangue.
À sua espera está Sishio Makoto, o hirokiri que substituiu Himura Battousai e prosseguiu a sua demanda de assassínio.
Kenshin chega finalmente a Quioto mas a esperada batalha com Shishio Makoto terá que esperar, porque no confronto com os seus soldados, a espada de Kenshin, Sakabatou parte-se…
Poderá voltar a ser forjada? Deverá ser de novo forjada? Num tempo em que a violência ressurge e apesar de ter jurado não mais tirar vidas, será Kenshin capaz de deixar de o fazer?
Ao tentar defender o filho de Seiku, raptado por Cho, Kenshin descobre que a última espada forjada pelo pai é também uma sakabatou.Ao perceber que Kenshin está disposto a morrer para salvar o seu filho, Seiku acaba por lhe oferecer a sakabatou e Kenshin vai ter com o seu mestre Hiko Seijuro para completar o seu treino.Apesar do seu passado como hitokiri, será Kenshin capaz de aprender a técnica final do Hiten Mitsurugi Ryu?
Kaoru consegue finalmente localizar Kenshin em Quioto, ao mesmo tempo que na cidade, a chegada de Shinomori Aoshi e de Saito Hajime move forças menos pacíficas e o verdadeiro plano de Shishio Makoto começa a revelar-se.
Enquanto Kenshin prossegue a sua aprendizagem da técnica Hiten Mitsurugi, os membros do Juppongatana, mais conhecidos por
“Dez Espadas” chegam a Quioto. Misao e os Oniwabanshu tentam impedir Shishio Makoto de arrasar Quioto ao mesmo tempo que Kenshin, Sanosuke e Saito, enfim reunidos, decidem o melhor caminho a seguir.
Depois do grande incêndio de Quioto, Kenshin e os outros refletem sobre o que fazer a seguir.
Os Oniwaban são de momento seus aliados, mas o seu líder Shinomori Aoshi não é.
Será Kenshin o único a conseguir trazer a paz ao Okashira do grupo de espiões de Quioto?
Enquanto os Dez Espadas se preparam para atacar Kaoru, Yahiko, Misao e o resto do clã de espiões de Quioto, Kenshin, preso à promessa que fez a Misao, enfrenta Shinomori numa batalha decisiva e intensa.
Para o battousai é hora de aprender de uma vez por todas, quem tem vontade de viver, quem tem vontade de morrer... e quem tem realmente vontade de lutar.
Na sede de Shishio Makoto desenrola-se o duelo entre Kenshin e Shinomori Aoshi, enquanto que quem ficou em Aoi-Ya, empreende uma batalha desesperada contra os Dez Espadas.
A derrota parece eminente, até Hiko Seijuro, o ex-mestre de Kenshin que conhece o segredo de Hiten Mitsurugi, entrar em campo.
Conseguirá o respeito de um guerreiro por outro ter sucesso, quando mais nada resultou?
A família de Soujirou foi castigada quando este tomou a decisão de se aliar a Shishio Makoto.
Será a carne dos fracos realmente o sustento dos fortes, como defende Shishio?
Kenshin coloca a proteção dos desamparados acima de tudo e discorda que a última palavra seja sempre dos poderosos, mas numa luta de forças tão desequilibrada, chegará a tempo de socorrer os injustiçados?
